Urkundlich erstmals genannt wurde die Kirche um 1097 (bei der Gründung des Klosters Mehrerau). Das Patronat hatten je zur Hälfte die Stifte Mehrerau OSB und Weißenau (bei Ravensburg) O. Praem. Seit 1196 besetzte das Kloster Mehrerau die Pfarre mit ihren Konventualen, seit 1670 aber nur mehr mit Weltpriestern.
1380 wurde die Kirchen geweiht. Im Jahre 1477 brannte die Kirche ab. Sie wurde wieder aufgebaut und geweiht 1480. 1737 − 38 wurde die Kirche erweitert und erhöht, 1939 restauriert. Die letzte Gesamtrenovierung von Turm und Kircheninnerem sowie der Bau einer neuen Orgel erfolgte in den Jahren 1968 − 1974.
Im Jahr 610 fanden die irischen Mönche Kolumban und Gallus ihren Weg nach Bregenz. Seither sind gut 1400 Jahre vergangen. Unter der Führung Kolumbans schlugen damals 13 irische Mönche in Bregenz ihr Quartier auf. Die Ereignisse rund um das Jahr 610 sind in vielerlei Hinsicht für die christliche, wie auch die profane Welt Europas prägend. Irische Mönche wanderten damals von Irland aus quer durch Europa und hinterließen neben zahlreichen Klöstern auch Bildungsgut und Wissen, das die kulturelle Entwicklung in unseren Breiten entscheidend mitgeprägt hat. „Kolumban und Gallus liehen damit nicht nur den beiden Bregenzer Pfarren ihre Namen“, so Anton Bereuter, früherer Pfarrer von St. Gallus, „sie nahmen durch ihre Missionierung auch aktiv an der Kultivierung Europas im Sinne der christlichen Werte teil. Dabei wirkten ihre Klöster wie Universitäten, in welchen auch naturwissenschaftliche und landwirtschaftliche Kenntnisse, antikes Bildungsgut und ein – bis in das vorchristliche Druidentum zurückreichendes – Wissen um Heilpflanzen und Medizin gepflegt wurde.“
Mit der Anwesenheit von Kolumban und Gallus in Bregenz sprechen wir von der ersten dokumentierten Alemannenmissionierung in diesem Raum. Gut zwei Jahre verbrachten sie hier. Gemessen an ihrem gesamten Wirken erscheint diese Zeit sehr kurz, um deutliche Spuren zu hinterlassen. Der Samen, den die irischen Mönche damals in Bregenz gesät haben, ist aber trotzdem aufgegangen, denn er war Teil eines Prozesses, der in ganz Europa stattgefunden hat und der durch viele andere weiter getragen worden ist. Die Beschäftigung mit den beiden Heiligen Kolumban und Gallus wirft dann auch die wesentlichen Fragen der Jetztzeit auf. Sie drehen sich um Glauben, Halt geben, Fremd sein, Kommunikation und darum, neue Netzwerke zu schaffen, während sich alte Strukturen auflösen, weil sie nicht mehr zeitgemäß sind.
Die von den irischen Mönchen gegründeten Klöster bildeten lebendige, geistige und handwerkliche Zentren, die mit ihrer unmittelbaren Umgebung, mit der Herrschenden Klasse sowie den anderen Klöstern in regem Austausch standen. Die Mönche brachten ihr landwirtschaftliches Wissen ein, entwickelten es weiter und nahmen Teil an der Erziehung von Adelssöhnen, indem sie ihr Bildungsgut vermittelten. Dazu Anton Bereuter: „Ein wesentliches Kriterium für ihren Erfolg war ganz bestimmt ihr starker Glaube an ihre Mission, ihren inneren Auftrag. Das hat sie sehr stark und glaubwürdig gemacht. Sie boten in der damaligen, unsicheren Zeit der Völkerwanderung Halt, waren bei den Menschen vor Ort und lebten für viele ein überzeugendes Christentum vor.“