Die kirchliche Tradition in Bregenz geht auf die nicht mehr erhaltene Aureliakirche aus dem 5. Jh. zurück, die von Kolumban und Gallus - 610 zerstört aufgefunden - wieder errichtet wurde. Vielleicht ist diese mit dem spätrömischen Baubestand unter dem Chorraum identisch.
Eine erste urkundliche Erwähnung stammt aus dem Jahr 1079. Nach dem Brand 1477 wurde der Turm neu aufgeführt und die Kirche erweitert. 1737-1740 erfolgte der Umbau der Kirche nach dem Plan von Franz Anton Beer. Damit erhielt die Kirche ungefähr ihr derzeitiges Aussehen.
1968-1972 wurde die letzte Außenrestaurierung, 1973/74 die letzte Innenrestaurierung durchgeführt. Eine Besonderheit in der Kirche St. Gallus ist der sogenannte "Silberaltar". Dieser wurde 2010 aufwendig restauriert und ist seit damals wieder ausgestellt. Die Pfarrkirche kann auch für Hochzeiten gebucht werden.
50 Jahre nach der letzten Renovierung wird die Galluskirche jetzt wieder renoviert. Die Arbeiten starteten am 17. April 2023 und werden voraussichtlich bis zum Sommer 2024 andauern. In dieser Zeit finden keine Gottesdienste in der Kirche statt und die Kirche kann auch nicht besichtigt werden.